Крапивенский переулок известен с начала XVII века, но он долго был проулком на задворках Высоко-Петровского монастыря. А здесь есть своя жемчужина — церковь Сергия Радонежского, что в Старых Серебренниках или в Сторожах. По храму переулок называли Сергиевским или Старым Серебреницким. Но в начале XIX века его переименовали в Крапивенский, и у церкви тоже появилось новое имя.
Также здесь могла располагаться слобода крапивников, которые занимались заготовкой крапивы. В старину ее мелко рубили, смешивали с мукой и кормили лошадей и свиней. А из молодой крапивы варили щи.
В 1625 году в Крапивниках появилась церковь Сергия Радонежского. В 1678 на месте сгоревшего деревянного храма построили бесстолпное здание, а в 1749 его перестроили, добавили второй ярус и возвели колокольню. Примерно в это же время появились трапезная и придел Иоанна Предтечи. Проект перестройки храма, предположительно, подготовил архитектор из команды Д.В. Ухтомского.
В 1883 году не имевшую собственного прихода церковь Сергия Радонежского в Крапивниках передали Константинопольскому патриаршему подворью, и рядом с ней вырос комплекс трехэтажных зданий по проекту С.К. Родионова. Фасад украсили византийские, древнерусские и мусульманские орнаменты. Так архитектор хотел показать, что древняя Патриархия находится в мусульманской стране, но подворье стоит на Русской земле. Долгое время храм был также усыпальницей Ухтомских.
В 1991 году храм вернули РПЦ. Сейчас его самая известная святыня — Кийский крест с мощами 400 святых, хотя часть из них утрачена. Его сделали для Кийского монастыря в память о чудесном спасении патриарха Никона от бури на Белом море. Специально для этого креста из Иерусалима привезли кипарис. Размер святыни точно повторяет крест, на котором распяли Иисуса Христа. Крест обложили серебряными листами, а внутрь вложили частицы креста Господня, части ризы Христа. Украсили его 15 позолоченных звезд с частицами гроба Господня, частями камня Вертепа и частичками гроба Богородицы. На лицевой стороне креста мощи 97 святых с подписями, а на тыльной — мощи еще 300 святых уже без подписей.
В 1930-х годах Кийский крест находился в антирелигиозном музее на Соловках, затем хранился в запасниках Государственного исторического музея. В 1991 году святыню передали в церковь Сергия Радонежского в Крапивниках.
