Этот храм уникален для Москвы. По архитектуре он был бы более уместен в Санкт-Петербурге. А Святому Клименту, который считался первым покровителем Руси, в столице посвящены всего две церкви — на Варварке и на Пятницкой.
Но 24 августа под стенами стоявшего возле храма Климентьевского острожка казаки и ополченцы во главе с Мининым и Пожарским разбили войска Ходкевича, который направлялся на подмогу засевшим в Кремле полякам. Это ускорило освобождение Москвы.
Около 1636 года здесь появилась церковь Знамения с Никольским приделом. В середине XVIII века Климентовский храм разобрали, и в 1756-1758 годах к Знаменской церкви пристроили трапезную и колокольню. Они сохранились. Саму церковь перестроили в 1770 году на средства купца К.М. Матвеева. Ходят легенды, что он был лишь подставным лицом для находящегося в опале Бестужева-Рюмина. Однако это маловероятно, ведь богатый купец Матвеев жил прямо напротив церкви.
Храм в Москве появился практически одновременно с Климентовским храмом в Петербурге. Поэтому вероятно, что оба здания выполнил один архитектор. Этим и объясняется нехарактерный для Москвы стиль «петербургского барокко».
Храм Святого Климента стал самой крупной церковью в Замоскворечье. А внутренняя отделка этого огромного здания продолжалась до 1774 года.
Но не церковь Пятницы-Прасковеи поражает и останавливает ваш взгляд с кремлевской вершины, когда вы, отклоняя постепенно глаза от юго-востока, ведете их по направлению к югу, а пятиглавая, великолепная церковь Климента папы римского. Перед ней вы остановитесь и идя по Пятницкой: она поразит вас строгостью и величавостью своего стиля, своею даже гармониею частей… Но особенно выдается она из бесчисленного множества различных узорочных церквей и колоколен, тоже оригинальных и необычайно живописных издали, которыми в особенности отличается юго-восточная часть Замоскворечья…
После смерти благотворителя храма, К.М. Матвеева, Климентовская церковь постоянно нуждалась в деньгах. Поддерживать в должном состоянии ее богатое убранство не удавалось. То есть крупнейший храм в Замоскворечье был одним из беднейших в Москве. Хорошо еще, что церковь почти не пострадала в 1812 году.
Закрыли храм Климента папы Римского в 1933 году. До 2008 года здание церкви использовали под книгохранилище Российской Государственной Библиотеки, хотя еще в 1990 храм официально вернули Церкви. Сейчас богослужения возобновились.
