По легенде, место для строительства церкви Иоанна Воина в память победы под Полтавой выбрал сам Петр I. Император активно участвовал в ее проектировании и спонсировал отстройку храма после очередного наводнения.
Места эти часто страдали от наводнений, и церковь просто смыло во время паводка. Поэтому новый храм поставили уже на Якиманке. Его освятили в 1711 году, а к 1717 завершили все декоративные работы. Единственное изменение в архитектуре церкви сделали в 1759 году: появился придел во имя митрополита Дмитрия Ростовского.
Архитектор церкви Иоанна Воина остается не известным, хотя сходство с Меншиковой башней предполагает работу Ивана Зарудного.
Церковь Иоанна Воина украшена белокаменной резьбой и фигурками ангелов. Купола расписаны красной, черной, желтой и зеленой краской «в шахмат». Когда появилась такая расцветка не известно, но есть легенда, что в 1790-е она понравилась Павлу I и с тех пор украшает храм.
Колокольня немного выбивается из общего облика церкви сухостью декора и нарисованными часами. А двор храма окружает кованая ограда в виде вьющихся ветвей с листьями.
Внутреннее убранство церкви Иоанна Воина создали под руководством Василия Баженова, росписи выполнил художник Гавриил Доможиров. Первоначальный декор сохранился не полностью, хотя реставрации проводили максимально приближенно к оригиналу.
Иконостас, который сейчас стоит в храме Иоанна Воина, создали в 1712 году для церкви Трех святителей у Красных ворот (там крестили Лермонтова и отпевали генерала Скобелева). Но в 1928 храм снесли, а иконостас чудом попал в церковь Иоанна Воина.
Этот храм в советское время действовал, поэтому сюда переносили иконы из близлежащих закрывающихся церквей: икону «святые Иоаким и Анна» передали из церкви на Якиманке, икону «Великомученица Варвара» — из Варваринского храма на Варварке, Казанскую икону Пресвятой Богородицы — из Казанской церкви на Якиманке.
Путеводитель по архитектурным стилям...колокола храма Иоанна Воина имели великолепное звучание, и по указу Консистории он входил в число «слушавших» соборный благовест..
Звон московские церкви должны были начинать одновременно с колокольней в Московском Кремле. Расположенные далеко храмы ориентировались на «знаменитые церкви», где «слушали» и «передавали» звон кремлевской колокольни. Их выбирала Консистория. В Замоскворечье такими храмами были церковь Воскресения в Кадашах, храм святителя Николая на Берсеневке, церковь святых Косьмы и Дамиана в Нижних Садовниках и храм святого Иоанна Воина на Якиманке.
Тем не менее в 1920-е годы некоторые колокола Иоанновской церкви забрали на переплавку, а некоторые отдали для художественного сопровождения спектаклей в МХАТ
