Этот храм появился еще в XV веке. Причем тогда существовали сразу две церкви Николы в Кузнецах: одна в Замоскворечье, а вторая — это современный храм Святителя Николая в Котельниках на левом берегу Москвы-реки. Возможно, именно с левого берега в Замоскворечье переселились кузнецы.
Это одна из немногих церквей, которую в XX веке не разрушили и не отдали под иные нужды. Кроме того, сюда свозили святыни из разрушенных храмов. В советское время это казалось необычным, поэтому говорили, что настоятель храма на Новокузнецкой — дальний родственник Ленина.
В Никольском храме в Кузнецах с 1951 по 1984 год служил протоиерей Всеволод Шпиллер. Он был сродни известному священнику Александру Меню. Его проповеди записывали на магнитофон, а пленки расходились по всей стране даже тогда, когда это было опасно. Шпиллер создал приход, в котором было много представителей новой интеллигенции («шестидесятников»). В течение нескольких лет он был духовником Солженицына.
Всеволода Шпиллера не посадили, но постепенно выживали из храма — посылали в приход атеистов, у верующих проверяли документы во время службы. Но когда вместо него назначили нового настоятеля, того застрелили. Отец Шпиллер даже не знал преступника, но трогать его уже боялись.
В 1990 году рядом с храмом Николая Чудотворца в Кузнецах построили баптистерий — крещальню с большой купелью для взрослых. Также в храме находятся чудотворные иконы Иверской Божией Матери и икона Божией Матери «Утоли мои печали», которую перенесли сюда из закрытой церкви святителя Николая в Пупышках.
...икону «Утоли мои печали» привезли в Москву казаки в 1640 году. А в конце XVII века произошло первое чудо. Одна знатная дама долго страдала параличом. Врачи не могли ей помочь, и вдруг она услышала голос, который велел ехать в Москву и в Пупышеве отыскать образ с надписью «Утоли мои печали», чтобы попросить у него исцеления. Больная попросила доставить ее в это место. В храме женщина не смогла найти нужную икону. Тогда с колокольни принесли находившиеся там ветхие образы, и среди них оказалась «Утоли мои печали». После молебна женщина исцелилась, а за этим последовали новые чудеса. Из-за ветхости иконы с нее сделали список. Именно он сейчас находится в храме Николая Чудотворца в Кузнецах.
