Этот храм дал название всему Черниговскому переулку. При этом до 1920-х он даже не был самостоятельной церковью.
Храм Михаила и Федора Черниговских освящен в честь князя Михаила Черниговского и боярина Феодора. Их убили в 1246 году в Орде за отказ пройти языческий обряд и поклониться идолам. Царь Иван IV пожелал перенести мощи святых в Москву. На том месте, где в 1578 году встретили мощи Черниговских чудотворцев, поставили храм. Позднее мощи перенесли в Архангельский собор Московского Кремля.
В 1740 году к храму Михаила и Федора Черниговских пристроили южный придел Святой Екатерины. Но через 90 лет его разобрали. А в XIX веке исчезла шатровая колокольня.
Храм Михаила и Федора Черниговских закрыли в 1924 году и сначала отдали баптистам, а позже под склад. В 1977 вместе с соседним храмом Иоанна Предтечи церковь начали реставрировать, а в 1991 вернули Церкви.
До 1920-х годов храм Михаила и Федора Черниговских был приписан к церкви Иоанна Предтечи. Теперь ситуация изменилась: оба храма имеют статус Патриаршего подворья.
...в 1990-х годах хор церкви Михаила и Федора Черниговских славился на всю Москву. Причем попробовать себя в качестве певчего мог любой прихожанин.
