Сложная объемно-пространственная композиция этого здания стала результатом нескольких перестроек и реконструкций.
С 1873 по 1892 год усадьбой владел потомственный почетный гражданин, совладелец Товарищества Тверской мануфактуры бумажных изделий Д.А. Морозов. Затем она перешла Е.Д. Дункер — дочери предпринимателя и коллекционера Д.П. Боткина и племяннице поэта А.А. Фета.
Для перестройки здания владелица пригласила архитектора И.С. Кузнецова. Он в 1892 году изменил композицию дома: сместил влево парадный вход, пристроил высотную часть с парадным вестибюлем, лестницей и кабинетом в стиле неоренессанса. Тогда же появилась мраморная парадная лестница в духе итальянских палаццо, были проведены водяное отопление, электричество и устроен редкий по тем временам лифт.
А в 1894 по заказу супругов Дункер художник М.А. Врубель создал для отделки особняка мозаичный триптих «Суд Париса», плафон с изображением цветов и панно «Венеция».
Новый владелец заказал А.Н. Зелигсону перестройку фасада и новые интерьеры. Так появилась голубая гостиная с зимним садом, а фасад украсил рокайльно-барочный декор и вазы с женскими обнаженными фигурками.
Осенью 1917 года особняк захватили анархисты. Их выбили только после ожесточенного боя 12 апреля 1918 года. Тогда в ходе штурма взорвали ворота усадьбы. Сильно пострадало и само здание.
В советское время в усадьбе Дункер — Цетлина находились различные учреждения, а в 1950 году здесь разместилось посольство Судана. Сейчас в здании резиденция посла Кипра.
