Средние торговые ряды составляют единый ансамбль с Верхними и занимают целый квартал между улицами Варварка, Ильинка, Хрустальным и Москворецким проездами.
Уже в XIV веке на этом месте шла бойкая торговля. А в конце XV столетия появилась практика, когда лавки, продающие похожие товары, размещаются друг за другом и формируются ряды. Но деревянные лавки постоянно горели. Поэтому в 1594 году царь Федор Иоаннович приказал строить торговые точки в камне. Так образовались 3 квартала торговых рядов: Верхние, Средние и Нижние.
Структура торговых рядов была строго регламентирована: размер лавки 2 на 2,5 сажени, проходы между рядами прямолинейные по 2,5 сажени. Но в Средних торговых рядах проходы немного изгибались из-за особенностей рельефа. А со временем над многими лавками появились вторые этажи со складами. Каждый владелец строил их на свой вкус, поэтому выглядели торговые ряды разнородно.
Работы завершили в 1816. Но в конце XIX века здания обветшали, и вновь встал вопрос об их реконструкции. В 1888-1893 перестроили Верхние торговые ряды, затем перешли к Средним. Конкурс на проект Средних торговых рядов решили не проводить и поручили работы Роману Клейну, чей проект стал вторым в конкурсе на проект Верхних торговых рядов. В 1893 году строительство завершили.
В итоге главное здание по периметру всего квартала окружило 4 двухэтажных корпуса во внутреннем дворе (они не сохранились). Под рядами были большие подвалы с заездом со стороны Варварки. Попасть внутрь рядов можно было через въезды из Хрустального переулка и с Москворецкой улицы. Также Средние торговые ряды оснастили по последнему слову техники: здесь было центральное отопление, вентиляция, грузовые лифты, работала собственная электростанция.
После Октябрьской революции здания Средних торговых рядов национализировали, и в них разместился Второй дом Реввоенсовета. Его сменил Наркомат обороны. До 2000 года комплекс находился на балансе Министерства обороны. В 2009 здания передали ФСО. Затем появились проекты строительства гостиницы на месте Средних торговых рядов. Но в 2012 году здания решили отдать музеям Московского Кремля.