Сахаровский центр организовала Елена Боннэр с коллегами и друзьями Андрея Сахарова. Они создали Общественную комиссию по сохранению наследия академика.
Экспозицию музея оформил Евгений Асс. Она показывает историю СССР через призму политических явлений. Художественное решение экспозиции — метафора движения от несвободы к свободе, от тьмы к свету. Высокие стены разделили зал музея на четыре коридора. Каждый символизирует свою эпоху.
В 2006 году появилась традиция «Сахаровских маевок» — ежегодных (в третье воскресенье мая) митингов-концертов в сквере возле здания Сахаровского центра. В 2012 году маевка превратилась в «Фестиваль свободы».
В жизни и развитии Сахаровского центра активное участие принимали инвесторы и общественные организации США.
