На строительство этого храма в 1657 году царь Алексей Михайлович пожаловал стрельцам за поимку Степана Разина 150 000 кирпичей, образа, царские двери и вывезенный из Орши серебряный потир.
Название «в листах» церковь получила из-за живших неподалеку печатников. Возле храма они торговали изготовленными кустарным способом лубками и часто демонстрировали свой товар, развесив его на ограде церкви.
В 1689 году за поимку стрельцами бунтовщика Федора Щегловитова Петр I пожаловал 700 рублей на восстановление пострадавшей в пожаре главы церкви Троицы в Листах. В дальнейшем многие обновления в храме происходили по случаю новых достижений стрелецкого полка. В 1774 перестроили обветшавшую трапезную, а в 1788 появились ограда и каменная колокольня. Звонницу поставили с неканонической стороны для соблюдения «красной линии» улицы.
Некоторое время в Троицкой церкви размещалась скульптурная мастерская. В 1950 году снесли колокольню.
При строительстве метро церковь Троицы в Листах планировали снести, а на ее месте открыть второй вход. Но усилиями П. Барановского и О. Журина храм удалось спасти. В 1979 году из него выселили организации и начали реставрацию. В 1990 в церкви Троицы в Листах возобновили богослужения.
…храм Троицы в Листах прославился не житиями Святых и чудотворными иконами, а лучшим в Москве табаком, который делал ее пономарь.