Раньше в центре района Ивановской горки поднимался холм, и его пересекала речка Рачка. В XV веке Василий I построил здесь летний дворец и домовую церковь Святого князя Владимира. Сейчас она известна как храм Святого Владимира в Старых Садех.
На конном дворе стояла деревянная церковь во имя святых мучеников Флора и Лавра, которых считали покровителями лошадей.
После строительства по соседству загородного дома московского митрополита в Трехсвятительском переулке к церкви пристроили домовый митрополичий храм во имя Трех Святителей Вселенских. В 1674 году его перестроили в камне на средства прихожан.
В советское время здание сначала передали НКВД, затем его надстроили и превратили в коммуналку. В 1987 году там разместилась мультипликационная студия «Пилот». Сейчас здание храма вернули церкви.
