Тогда в Заречье были царские сады. Это объясняет название Софийского храма «что в Средних Садовниках». Садовники долгое время были главными прихожанами этой церкви.
В 1812 году Софийская церковь практически не пострадала, а государев сад сгорел. Но все равно храм нуждался в расширении. Поэтому в 1868 построили новую колокольню по проекту Козловского. Она стала первым высотным сооружением в центре Москвы, построенным после храма Христа Спасителя. Проект предусматривал также перестройку здания Софийского храма в византийском стиле, но комиссия установила, что новая церковь не впишется в узкий участок. Поэтому от строительства отказались.
Затем в храме устроили жилые помещения: в алтаре пробили дверь, а вместо крестов установили телевизионные антенны. В 1941 году в здание церкви попала бомба.
Сейчас храм Софии Премудрости Божией отреставрирован и вновь действует.