В старину сюда для погребения свозили людей, не имевших родственников. И кто бы мог подумать, что в этих местах появится еще одна московская святыня?
А когда здесь поселились звонари колокольни Иван Великий и сторожа кремлевских соборов, церковь получила имя «в Звонарях». В 1657 году ее перестроили в камне. А в 1760-1762 на деньги графа И.И. Воронцова построили новый каменный храм в стиле барокко по проекту К.И. Бланка. Его небольшой размер можно объяснить тем, что церковь была домовым храмом. А в XIX веке к церкви Николы в Звонарях добавились небольшие пристройки и ограда церковного участка.
В 1933 году храм в Звонарях закрыли. Его помещение отдали под склад, и с середины 1960-х здесь работала кафедра Московского архитектурного института.
В 1994 в церкви разместилось подворье Успенского Пюхтицкого монастыря, единственного на территории бывшего СССР женского монастыря, который не закрыли. Тогда же в церковь Николы в Звонарях вернули чудом уцелевшую икону «Взыскания погибших». Ее сохранила пожилая прихожанка и передала в Пюхтинский монастырь неподалеку от Таллина.
Обители предлагали несколько церквей под подворье, но настоятельница выбрала храм в Звонарях, даже не подозревая, что сможет вернуть церкви ее святыню.
