Императорская корона на кресте Николощепковского храма означала, что это была государева молельня. Также здесь служили путевые молебны те, кто покидал город, ведь рядом шла дорога на Смоленск.
Храм Николая Чудотворца на Щепах получил имя по существовавшему рядом Государеву дровяному щепному двору. На нем из сплавляемых по Москве-реке бревен сооружали срубы для различных дворовых зданий.
Никольская церковь пострадала в войну 1812 года, но быстро восстановилась. Тогда же построили колокольню и придел Петра и Павла. Небольшие обновления церковь пережила в 1884-1888 годах.
В советское время храм Николая Чудотворца на Щепах закрыли одним из последних среди московских церквей — в 1934 году. До этого туда свозили святыни из окрестных закрытых храмов. После закрытия главы с барабанами и верх колокольни Никольского храма снесли, а здание перестроили под заводские цеха.
В 1993 году храм Николая Чудотворца на Щепах вернули РПЦ. В 2008 году отреставрированную церковь вновь освятили.
