Первая церковь в Царицыно появилась в 1680-е годы. После этого село Черная Грязь переименовали в Богородское. Затем в 1722 году Дмитрий Кантемир выстроил здесь однокупольный храм в честь иконы Божией Матери «Живоносный Источник».
Архитектура церкви иконы Божией Матери «Живоносный Источник» не примечательна. Вызывает много споров, почему Екатерина II не стала ставить на ее месте более величественный храм.
Но царицынская церковь выделяется довольно редким посвящением иконе Божией Матери «Живоносный Источник». Этот образ помогал женщинам зачать ребенка. Царевна Софья в пору ее увлечения в 1680-х годах князем В.В. Голицыным неоднократно молилась у этой иконы, ведь рождение сына могло помочь ей в борьбе за престол. В честь этого образа она построила каменный храм на Воробьевых горах.
Во время Великой Отечественной войны рядом с церковью в одном из частных домов в Царицыно жила блаженная старица Матрона Московская. С ее именем связано много легенд. Говорят, что она предсказала гибель от несчастного случая пришедших разбирать царицынский храм большевиков — это сбылось. А когда немецкие войска подошли к Москве, Сталин спросил у Матроны, эвакуировать ли правительство. Тогда она предсказала поражение немцев.
В 1990-х годах церковь в Царицыно отреставрировали и вернули верующим.