Считается, что Борисовские пруды появились на землях Бориса Годунова. Это и дало им название. При этом Борисовский пруд — самый большой в Москве (86 гектар).
Идея возникла еще в 1988 году, но Церкви в то время вернули много зданий, поэтому возведение нового храма затянулось.
Церковь Живоначальной Троицы поставили на холме — как это было принято раньше. Построили однокупольное крестообразное здание в византийском стиле. Высота с крестом — 70 метров.
Слева перед входом висит мраморная доска с надписью: Сей храм, знаменующий первое тысячелетие крещения Руси, воздвигнут по милости Божией по благословению Святейшего патриарха Московского и всея Руси Алексия II трудами и на средства Балтийской строительной компании. 2004 год от Рождества Христова
. Cправа размещается мраморная доска со списком попечительского совета храма. Внутри церкви Живоначальной Троицы — фарфоровый иконостас в традициях знаменитых мастерских Кузнецова.
В состав Патриаршего подворья на Борисовских прудах входят также дом причта, воскресная школа, звонница и часовня во имя князя Александра Невского.
