В 1863–1866 годах на средства Никандра Аласина церковь перестроили по проекту архитектора Василия Карнеева. В 1897 году храм передали единоверцам-старообрядцам (в единоверческих церквях священники, официально признанные церковью, служат по старым книгам и обрядам). А в 1920-х — еще и старообрядцем-беглопоповцам. Из-за этого внутри здание церкви разделили на две части.
В 1993 храм перешел в ведение Московского Патриархата РПЦ.
...первый, еще деревянный, храм на Рогожском кладбище построили благодаря устному разрешению князя Орлова в разгар чумной эпидемии 1771 года.