Эта церковь считается памятником русской воинской славы и окончания Смуты. При этом здание храма сохранилось в неизменном виде с 1627 года.
В 1627 ее сменил каменный храм. С того времени село Рубцово стали называть Покровским. А в середине XIX века при церкви устроили епархиальную общину сестер милосердия.
В 1934 году Покровский храм в Рубцово закрыли, а церковное кладбище разорили. Здание церкви передали Метрострою под электромонтажные мастерские, а затем — под скульптурные мастерские. В 1961 году в бывшем Покровском храме разместилась Государственная академическая хоровая капелла России им. А.А. Юрлова.
В 1992 решили вернуть здание РПЦ, но это удалось сделать лишь в 2003 году, когда капелла получила новый дом.