Здание этой церкви сформировалось в XVIII веке и стало памятником исторической застройки района.
В этих местах селились мастера, занимающиеся обработкой овечьих шкур. Отсюда и название слободы и церкви. Каменный храм в привычном нам виде в слободе построили в XVIII веке. Его несколько раз обновляли.
В советское время, как и многие другие храмы, церковь в Овчинниках закрыли. В ней размещались различные учреждения и общежитие. В результате внутреннее убранство полностью утратили. Подумывали снести и сам храм: в 1955–1961 годах он фактически оказался во внутреннем дворе построенного рядом административного здания Госкомитета по внешним экономическим связям. Но из-за высокой историко-архитектурной ценности церковь в Овчинниках сохранили, хотя и разместили в ней архив, библиотеку комитета и «крематорий» для сжигания ненужных документов.
В конце XX века здание вернули верующим.
...главный престол храма в Овчинниках освящен во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Долгое время храм так и называли — во имя Покрова Богородицы «что в Овчинниках». Имя Архангела Михаила закрепилось за южным приделом, который пристроили позже.
