Эта церковь пережила пожары и разрушения, но восстанавливалась даже вопреки запрету Петра I на каменное строительство в Москве. Она же стала печальным свидетелем расстрела «зажигальщиков Москвы» в 1812 году.
Название она получила по располагавшемуся здесь в XIV веке двору воеводы Иакинфия Шубы. Но есть версия, что в этих местах жили шубники или скорняки.
Историки полагают, что храм святых бессребреников Космы и Дамиана не мог уцелеть в пожаре 1812 года. Документы говорят об обратном: хотя у его стен наполеоновские солдаты расстреляли обвиненных в поджогах москвичей, саму святыню они не тронули. Но после войны барочную церковь все равно перестроили в стиле классицизм.
В 1910–1920-х годах регентом храма был композитор духовной музыки Павел Чесноков. Видимо, он отпевал 21 марта 1916 года живописца В.И. Сурикова, скончавшегося в соседнем здании гостиницы «Дрезден».
В здании церкви в Шубине устроили хранилище Библиотеки иностранной литературы. Это спасло храм, хотя на его месте хотели построить жилой дом.
Церковь Косьмы и Дамиана в Шубине частично отреставрировали в 1970-е годы. Тогда стало известно, что в интерьере сохранились фрагменты живописи XVIII—XIX столетий. В 1991 году в храме возобновились богослужения, а в 2003 восстановили колокольню. Восемь ее колоколов, которые отлили на средства почетных жителей города, утрачены, но на заводе ЗИЛ изготовили новые.
...храм Косьмы и Дамиана в Шубине иногда называли «за золотой решеткой», так как на ночь Тверскую закрывали позолоченной решеткой.