История этого места связана с благотворительностью, русским Афоном и именем преподобного Аристоклия.
Тогда благотворительница Акилина Смирнова передала монастырю городскую усадьбу на Большой Полянке. Затем купили соседний участок, и территория превратилась в значимое представительство Афонского монастыря.
В конце XIX — начале XX века настоятелем подворья был старец иеросхимонах Аристоклий. При нем оно стало заметным духовным центром. А в 1912–1914 годах на новом участке построили комплекс зданий, в том числе трехэтажный каменный дом с домовой церковью в честь иконы Божией Матери «Скоропослушница».
После революции подворье закрыли, а его домовый храм и усыпальницу ликвидировали. В здании размещались разные учреждения, а история афонского подворья в Москве на время прервалась.
Впервые эта церковь упоминается в 1476 году. А в летописях 1533 года сохранилось упоминание, что удар молнии пробил стену храма. Значит уже тогда Никитская церковь на Швивой горке была каменной.
Существующее здание построили в 1595 году на средства московского купца Саввы Емельянова Вагина. Его еще несколько раз перестраивали, но в целом облик сохранился.
В советское время храм был закрыт. В его стенах разместился склад студии «Диафильм».
С 1991 года он действует как Афонское подворье. А в историческом здании подворья сейчас открыты музей Русского Афона, мемориальная келья и усыпальница преподобного Аристоклия.