Под поздними наслоениями скрываются каменные палаты XVII века — возможно, самый старый дом между Кузнецким мостом и Театральным проездом.
Суздальские архиепископы и митрополиты часто приезжали в Москву по делам епархии, и подворье служило им городской резиденцией. Когда светским и церковным центром страны стал Санкт-Петербург, суздальские владыки сделались редкими гостями на Рождественке. Церковь Рождества Иоанна Предтечи и вовсе упразднили и разобрали за ветхостью.
В первой половине XIX века сложилась нынешняя планировка подворья — вырос фасадный корпус по Рождественке и постройки в глубине двора. Дома, выходившие фасадами на улицу, приспособили под жилые помещения и торговые лавки. Первоначальные каменные постройки XVII века при этом не разбирали — старинные стены сохранились в основе новых строений. В 1870–1874 годах архитектор В.П. Гаврилов перестроил часть здания.
В 1886 архитектор В.Н. Карнеев реконструировал крыло по Рождественке — именно тогда над углом появился купол. В том же году архитектор В.П. Гаврилов перестроил угловое здание, стоящее на месте снесенного храма. При этом здесь работали магазины одежды и белья, полиграфия, фотографические принадлежности, кофейня, кондитерская, трактир.
Тогда же со стороны Рождественки в здании открылся один из лучших в Москве магазинов игрушек — лавка Евдокии Дойниковой.
А после революции помещения здания заняли конторы, магазины и кафе, а трактир в угловом здании превратился в рыбное кафе «Сардинка». Оно было довольно популярным, но со временем превратилось в обыкновенную сосисочную, а затем в пельменную.
В 1960–1970-е годы здание частично реконструировали. Тогда же расселили все квартиры.
Путеводитель по архитектурным стилямЕго создал отставной офицер-подводник из Североморска Владимир Лобурев на основе своей коллекции книжных знаков. Помещение выделил Международный союз книголюбов. А в 2003 году к музею присоединилась экспозиция миниатюрной книги, насчитывающая около шести тысяч экземпляров.
Сейчас в здании Суздальского подворья работают кафе, рестораны, магазины и конторы.