В основе особняка Е.Э. Паутынской находится деревянный дом, построенный в 1817 году по красной линии Малой Дмитровки.
Летом 1867 года Вальц устроил в саду особняка демонстрацию публике воздушного шара «Санкт-Петербург», поднимавшего в воздух до 10 человек.
В 1893 году здание перестроили по проекту И.П. Машкова. В начале 1900-х здесь работала школа игры на цитре Франца Бауэра. После этого особняк перешел потомственной почетной гражданке Е.Э. Паутынской.
После 1917 года здание оставалось жилым, а во время битвы за Москву в полуподвале устроили бомбоубежище. В октябре 1941 здание пострадало от взрывной волны, но вскоре его восстановили.
Сейчас в бывшем доме Паутынской размещаются офисы.