Сначала в Бутырской слободе появился деревянный острог для военнопленных. Со временем он перерос в Бутырский следственный изолятор — самую крупную тюрьму Москвы.
В 1782 году в центре тюремного замка построили Покровскую церковь. А в 1879 году появилось современное здание тюрьмы — его стены с улицы не видны.
С 1868 Бутырка была центральной пересыльной тюрьмой. Через нее ежегодно проходило около 30 000 человек. При тюрьме действовали столярные, переплетная, сапожная, портняжная мастерские, мастерские по изготовлению венских стульев и выжигания по дереву.
Но условия содержания заключенных были совсем плохи: тюрьма была грязной, не имела канализации, храм ее был очень маленьким и тесным. Поэтому на нее обратил внимание «святой доктор» Федор Гааз. Он добился расширения Покровской церкви. А вокруг нее построили камеры, чтобы заключенные могли наблюдать за службой. Во дворах тюрьмы посадили сибирские тополя для очищения воздуха, а вокруг провели дренаж и устроили мостовые.
Рядом с Бутыркой тюрьмой Гааз организовал Сергиево-Елисаветинский приют для детей заключенных. А так как семья часто следовала за осужденным в ссылку, «святой доктор» устроил дом дешевых квартир для жен заключенных и школу для детей сосланных родителей.
В Бутырке провел 11 месяцев Владимир Маяковский. Он исписал целую тетрадку сентиментальными стихами, но при выходе надзиратели ее отобрали. В 1930-1940-е здесь отбывали срок Варлам Шаламов, Осип Мандельштам, Сергей Королев, Александр Солженицын, Евгения Гинзбург, Борис Фомин. Одним из самых известных заключенных Бутырской тюрьмы последнего времени был Владимир Гусинский: он провел там 3 дня.
…освещенная из-под двух куполов двумя яркими электрическими лампами, камера спала вповалку, мечась от духоты: жаркий воздух июля не втекал в окна, загороженные намордниками. Жужжали бессонные мухи и садились на спящих, те подергивались... Остро пахла параша — разложение ускорялось в такой жаре. В камеру, рассчитанную на 25 человек, было натолкано не чрезмерно, человек восемьдесят. Лежали сплошь на нарах слева и справа и на дополнительных щитах, уложенных через проход, а всюду из-под нар торчали ноги.
28 января 2008 года заместитель директора Федеральной службы исполнения наказаний РФ Владимир Семенюк рассказал, что были желающие выкупить здание, но в ответ у них потребовали построить новый следственный изолятор. Когда инвесторы оценили расходы, они отказались от сделки.
Сейчас при тюрьме действует музей. Попасть туда можно по заявке от юридических лиц. Также есть проект создать на базе Бутырского тюремного замка музей политических репрессий.
...Емельяна Пугачева до казни содержали в подвале одной из башен Бутырской тюрьмы. Теперь она носит его имя.
...в 1908 году в Бутырской тюрьме выступил иллюзионист Гарри Гудини. За 28 минут он освободился из специального транспортного «ящика», в котором арестантов перевозили из Москвы в Сибирь. Маэстро заковали в кандалы и цепи, закрыли в контейнере и придвинули крышкой к стене, но он преодолел все преграды.
...однажды Бутырку посетил император Николай I. Ему шепнули, что некоторые заключенные симулируют, а Гааз их покрывает. Николай отругал доктора, а тот упал на колени. Император смутился и сказал: «Ну полно, Федор Петрович, я вас прощаю». Гааз ответил: «Я не за себя прошу, а за заключенных. Посмотрите, они слишком старые, чтобы отбывать наказание. Отпустите их на волю». Император растрогался и амнистировал пятерых.