Этот храм не случайно стоит близ двух музеев, посвященных войне 1812 года — панораме «Бородинская битва» и Кутузовской избой.
В 1861 году деревню Фили перенесли на другое место, остался один этот дом. Несмотря на историческую ценность места, через 7 лет изба сгорела. После восстановления «Кутузовской избы» в 1887 году в ней открылся музей.
Строили музей-часовню по проекту М. Литвинова и Н. Струкова на добровольные пожертвования. Работы завершили через 2 года. В новом здании открылся именной музей Кутузова. В экспозиции были личные вещи полководца, примеры оружия и обмундирования его времени. Главным экспонатом стал походный экипаж Кутузова, на котором он в августе 1812 года прибыл в действующую армию и разъезжал по полям сражений вплоть до 1813 года.
В 1920 по просьбе местных жителей часовня в Филях превратилась в храм. Его освятили в честь Архангела Михаила — небесного покровителя Михаила Кутузова.
Но вскоре здание обнесли забором, а музей перевели в панораму «Бородинская битва». В бывшей церкви устроили сначала столовую, затем рабочий клуб. К 1970-и годам церковь утратила купола, и от дальнейшего разрушения ее спасли страдания входившего в оценочную комиссию П.Д. Барановского. Тогда здание перешло Министерству Финансов СССР.
В 1994 году часовню освободили. Начались восстановительные работы. Сейчас храм Михаила Архангела действует и приписан к церкви Георгия Победоносца на Поклонной горе.
