Лефортовский дворец сейчас занимает Российский государственный военно-исторический архив.
Дворец в эклектическом стиле с высокими крышами сочетал элементы западноевропейской архитектуры, теремные постройки и элементы барокко. Расположенный на возвышенности, он словно висел в воздухе. По уровню второго этажа проходила галерея с чудесным видом на парк. Приемный зал площадью свыше 300 м2 и с высотой потолка 10 м вмещал 1 500 гостей.
…одна из комнат была обита зеленой кожей и уставлена ценными шкафами, вторая содержит предметы китайской работы, третья украшена серебряной дамасской парчой и здесь находится кровать трех локтей высотой с красноватыми занавесями; четвертую комнату его величество сверху донизу украсил маринами, а с потолка свешивались галера и корабли.
В саду имеются пруды, которых здесь нелегко найти, и в них множество рыбы. По другую сторону реки у меня есть парк, где находятся разнообразные дикие животные. Мой дом самый красивый и самый приятный из всех в окрестности; люди этой страны приходят сюда, чтобы посмотреть его как редкость.
Лефортовский дворец предвосхитил архитектуру Петербурга, поэтому после смерти Франца Лефорта Петр I использовал его для приемов, праздников, театральных представлений и размещения иностранных послов. А в главном зале Лефортовского дворца проводили ассамблеи.
По проекту Марио Фонтана к Лефортовскому дворцу пристроили двухэтажные флигели в виде незамкнутого квадрата. С главным зданием их соединили переходами. На втором этаже флигелей были жилые комнаты, а на первом — хозяйственные помещения. Петр I пользовался дворцом Меншикова для официальных встреч и празднеств. Но в 1727 году Александр Данилович потерял власть, и дворец конфисковали в казну.
В 1727-1730 годах царский двор располагался в Лефортовском и Головинском дворцах. Когда Петр II приехал в Москву на коронацию, он также остановился в Лефортовском дворце. Но вскоре там умерла его сестра Наталья, и император покинул Лефортово. В апреле 1728 года он вернулся, а 30 ноября 1729 года обвенчался с Екатериной Долгорукой. Но свадьба не состоялась: Петр II заболел оспой и умер в день церемонии.
В большой московский пожар 29 мая 1737 года Лефортовский дворец сгорел. Его перестроили, и в 1742 здесь после коронации останавливалась Елизавета Петровна. Лефортовский дворец также использовали как резиденцию иностранных послов, чумной карантин в 1771 году, жилье для театральных служителей. В январе 1804 года здесь разместился военный архив.
Сама природа, без всякой человеческой заботы, украсила его дикорастущими большими деревьями по окнам, дверям, кровле и т. п. В нем имели пристанище стаи птиц и толпы жуликов, так что поздно вечером и ночью никто не смел проходить мимо.
После перестройки в конце 1840-х Лефортовский дворец приобрел третий этаж. В здании разместилось Московское отделение архива Главного штаба. Сейчас в Лефортовском дворце также хранятся исторические документы.
...когда князья Долгорукие надумали женить Петра II на Екатерине Долгорукой, церемонию обручения устроили в Лефортовском дворце. Из Головинского дворца, где жили Долгорукие, процессия из множества карет в сопровождении гренадеров направилась через Салтыков мост на другой берег Яузы. Но карета невесты оказалась слишком высокой, и венчавшая ее корона не пролезла в арку дворца. Она упала к ногам изумленной толпы, что посчитали дурным знаком. И точно в намеченный день свадьбы император скончался.
...умирал Лефорт буйно. Он отгонял пастора, требовал вина и музыкантов. Звуки арий успокоили его, но ненадолго. Лефорт снова впал в беспамятство и очнулся только перед смертью, попрощавшись с женой..
Похороны были пышными: после выноса тела из церкви раздались троекратные залпы установленных рядом с собором орудий. Поговаривали, что снарядом одному из солдат оторвало голову.
А ночью могилу Лефорта хотели вскрыть грабители, но помешали жители Немецкой слободы. По преданию, его могила была покрыта мраморной доской с вырезанной на ней эпитафией: «Остерегись, прохожий, не попирай ногами сего камня: он омочен слезами величайшего в свете монарха». А в 1702 году сын Лефорта писал дяде: «Я ходил туда, где похоронен мой отец. Гроб его стоит в каменном склепе. Я приказал открыть гроб и видел отца: он сохранился так хорошо, как будто не лежал там и недели, а уже прошло три года...».
Сейчас точное место могилы Лефорта неизвестно. Возможно, поэтому его дух не может найти покоя и тревожит работников военно-исторического архива. А порой звучит та самая музыка, под которую он скончался