Сначала на этом месте стоял одноэтажный каменный дом. Его построили в 1818 году на месте палат конца XVIII века, а к 1822 надстроили вторым этажом. Тогда же появились ограда с воротами и сад.
Семья Боткиных была большой: от двух браков у Петра Кононовича родилось 25 детей. Выжили 9 сыновей и 5 дочерей. Многие из них стали известными в России.
Но вскоре после рождения Сергея Боткины переехали с Земляного вала в особняк в Петроверигском переулке. Там они жили почти до 1917 года.
В бывшем доме Боткина в советское время разместились административные службы. Сейчас это бизнес-центр.